行为人不配合防疫的，可能会违反治安管理的规定，会处以行政拘留，并处以相应的罚金。但若是情况比较严重的，可能涉嫌妨害传染病防治罪，处三年以下有期徒刑或者拘役，后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。
《刑法》第三百三十条违反传染病防治法的规定，有下列情形之一，引起甲类传染病以及依法确定采取甲类传染病预防、控制措施的传染病传播或者有传播严重危险的，处三年以下有期徒刑或者拘役；后果特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑：（一）供水单位供应的饮用水不符合国家规定的卫生标准的；（二）拒绝按照疾病预防控制机构提出的卫生要求，对传染病病原体污染的污水、污物、场所和物品进行消毒处理的；（三）准许或者纵容传染病病人、病原携带者和疑似传染病病人从事卫生行政部门规定禁止从事的易使该传染病扩散的工作的；（四）出售、运输疫区中被传染病病原体污染或者可能被传染病病原体污染的物品，未进行消毒处理的；（五）拒绝执行县级以上、疾病预防控制机构依照传染病防治法提出的预防、控制措施的。
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