输血发生医疗事故的处理程序为：第一，首先到医院进行检查，确认是不是存在医疗事故，找到原因并进行治疗，留下必要的证据。第二，确认医院存在医疗事故的话，可以向医院里面专门的科室进行投诉。第三，可以向当地卫生部门申请医疗事故鉴定。第四，当事人及其家属也还可以到提起诉讼。
【本文关联的相关法律依据】
《医疗事故处理条例》第十七条疑似输液、输血、注射、药物等引起不良后果的，医患双方应当共同对现场实物进行封存和启封，封存的现场实物由医疗机构保管；需要检验的，应当由双方共同指定的、依法具有检验资格的检验机构进行检验；双方无法共同指定时，由卫生行政部门指定。
疑似输血引起不良后果，需要对血液进行封存保留的，医疗机构应当通知提供该血液的采供血机构派员到场。
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